El Patronato de IMDEA-Agua es su máximo órgano de gobierno, representación y administración. De acuerdo con los estatutos, formará parte de él tres miembros natos en representación de la Comunidad de Madrid y hasta un máximo de doce personalidades de reconocido prestigio internacional en las materias científicas del Instituto.

PATRONATO	CONSEJO CIENTÍFICO	COMISIÓN DELEGADA	ADMINISTRACIÓN
Dña. Alicia Delibes Liniers. (Viceconsejera de Educación de la Comunidad de Madrid) Dña. María Jesús Villamediana (Directora General de Medio Ambiente Urbano) D. Luis Sánchez Álvarez (Director General de Agricultura y Desarrollo Rural) D. Alfonso González Hermoso de Mendoza (Subdirector General de Investigación) D. Rafael Fernández Rubio (Premio Rey Jaime I a la Protección del Medio Ambiente. Presidente) D. Juan Jesús Domínguez Picazo (Tercer Teniente de Alcalde y Concejal de Medio Ambiente, Urbano y Aguas del Ayuntamiento de Alcalá de Henares) D. Adriano García Loygorri (Director de la Fundación para el Conocimiento Madri+d) D. Juan José Vaquero (Universidad de Alcalá) D. José Luis Sotelo Sancho (Universidad Complutense de Madrid) D. Pedro González Trevijano (Universidad Rey Juan Carlos) Dña. Milagros Couchoud Gregori (CIEMAT) D. Stephen Foster (UK) D. Avelino González González (UE DG Research) D. Marco Vighi (Universidad de Milán) D. José C. Merchuk (UniversidadBen Gurion, Israel) D. Manuel Ramón Llamas Madurga ( Real Academia de las Ciencias) D. Jesús Martín Sanz (AEDHE) D. Enrique Hernández Moreno (FCC) Pendiente por designar representante del CANAL DE ISABEL II Pendiente confirmar a D. Domingo Zarzo en representación del Grupo SACYR VALLEHERMOSO) D. Alejandro Blázquez Lidoy (Secretario)	D. Julián Martínez Beltrán (FAO) D. Stephen Foster (UK) D. Avelino González González (UE DG Research) D. Marco Vighi (Universidad de Milán) D. José C. Merchuk (Universidad Ben Gurión) D. Manuel Ramón Llamas Madurga ( Real Academia de las Ciencias) D. Rafael Fernández Rubio (Premio Rey Jaime I a la Protección del Medio Ambiente) D. Felix Cristobal Sánchez D. Bo Jansson. (Suecia) D. Andreas Nicholaos Angelakis D. Emilio Custodio Gimena	Dña. Mª Jesús Villamediana D. Alfonso González Hermoso de Mendoza (Presidente) D. Adriano García Loygorri D. Julián García Pareja (Secretario)	D. Eloy García Calvo (Director General) Dña. Irene de Bustamante Gutiérrez (Directora Adjunta) D. Pablo Traspas Tejero (Gerente)