En el entorno investigador de la Comunidad de Madrid existen grupos de investigación, pertenecientes a diferentes organismos públicos, que desde varias áreas de conocimiento centran su investigación en la calidad de los recursos hídricos y en el tratamiento y gestión de las aguas residuales. Además está el equipo TRAGUA (Tratamiento y Reutilización de AGUA), formado por 122 investigadores en su mayoría doctores.

Las principales áreas científicas desde las que se aborda dicha investigación son: Contaminación; Tecnologías de protección; Ecotoxicología; Biotecnología; Hidrología; Hidrogeología; Agricultura; Ingeniería Química; Microbiología; Bioquímica; Química; Ciclos Biogeoquímicos; Ecología.

Este Instituto, debe incorporar a todos los grupos de los centros dedicados a I+D en agua de la Comunidad de Madrid, a los 20 laboratorios de la Red de Laboratorios del Sistema Madri+d que disponen de equipamiento utilizable, a las 50 empresas de abastecimiento, 20 de depuración, 8 de bienes de equipo y 7 de proyectos de ingeniería y a otros centros y empresas de fuera de nuestra región que pudieran realizar aportaciones de interés