Se ha realizado un PLAN ESTRATÉGICO para IMDEA-agua, basado en un modelo de gestión 3D, formado por diferentes comunidades de expertos que, unidos entre si sean capaces de generar un modelo de institución sostenible, solidaria y rentable. Una comunidad de investigadores, otra de innovadores y por último una comunidad de marketing, que permanezca en contacto con los investigadores y con los agentes sociales

• crear un referente internacional en la gestión comercial de la investigación, de la innovación y del mercado,  especialmente diseñado para las tecnologías relacionadas con el agua
  
• el desarrollo integral de la plataforma de conocimiento, tanto a nivel humano, como a nivel tecnológico como el modelo de gestión 3D conseguir un equipo coordinado humana, tecnológica y comercialmente en todas las actuaciones y proyectos que realice
• saber gestionar correctamente la cartera de proyectos de investigación, de innovación y de servicios, de manera que las exigencias de cortos periodos de retorno de la inversión, no sacrifiquen el crecimiento a medio y largo que puede tener el IMA tanto con otros proyectos de I+D+i, como con otras actividades que por su carácter de servicio público, no se persigue preferentemente el beneficio 
  

De manera paralela se llevarán a cabo las actividades necesarias para que el  resultado de las acciones científico técnicas tenga beneficios prácticos. Estas actividades se pueden dividir en cuatro grandes ámbitos: demostración, transferencia, difusión y formación.