El Consejo Científico cumple una función de asesoramiento en las materias científicas del Instituto. Sus miembros colaboran en la marcha de la Fundación IMDEA Ciencias Sociales elevando informes al Patronato sobre las líneas de actuación a corto, medio y largo plazo; asesorando en la selección del personal investigador y, en general, desarrollando las actuaciones específicas que, a título individual, les encomiende el Patronato. Forman parte del Consejo Científico los miembros electivos del Patronato y un número limitado de otros científicos propuestos por aquél, y que en la actualidad son los siguientes:

Alejandro Portes
Howard Harrison and Gabrielle Snyder Beck Professor of Sociology
Princeton University
http://sociology.princeton.edu/Faculty/Portes

José Victor Ríos-Rull
Carlson Professor of Economics
University of Minnesota.
http://www.econ.umn.edu/~vr0j/

Gøsta Esping-Andersen
Professor of Sociology
Universitat Pompeu Fabra
http://recerca.upf.edu/griip/directori-dcpis/directori.php?id=8&lang=en

Juan J. Dolado
Professor of Economics
Universidad Carlos III
http://dolado.blogspot.com/