Sus objetivos prioritarios serán:

• Alcanzar la excelencia científica en determinadas áreas de la Nanociencia, estableciendo para ello una masa crítica de investigadores de talento y equipamientos avanzados que permita realizar investigación internacionalmente competitiva.
• Convertir IMDEA-Nanociencia en un centro intencionalmente reconocido y atractivo para los investigadores, capaz de captar capital humano de excelencia y colaborar con instituciones similares a nivel internacional.

• Formar personal técnico y científico en las habilidades requeridas.
• Contribuir a la educación de estudiantes, analizar las repercusiones sociales de la Nanotecnología y transmitir a la sociedad las posibilidades y desafíos de la Nanociencia.
• Promover la transferencia tecnológica y la creación de empresas en ésta área que contribuyan al desarrollo económico en Madrid y en España.En relación con este último objetivo, se llevarán a cabo de manera paralela las actividades necesarias en cuatro grandes ámbitos: demostración, transferencia, difusión y formación para que el resultado de las acciones científico técnicas tengan beneficios prácticos.