La Fundación IMDEA Software está compuesta por los siguientes órganos:
- Patronato.
- Comisión Delegada.
- Consejo científico.
La Comisión Delegada está formada por un número reducido de miembros del patronato y tiene como objeto facilitar el gobierno de la Fundación.
La Fundación está dirigida por un Director y un Director Adjunto, elegidos entre personas de reconocido prestigio internacional en el ámbito de las Tecnologías de Desarrollo Software. Cuenta asimismo con un Gerente.