La filosofía de trabajo de los institutos IMDEA es la excelencia científica. Gracias a ella, los institutos IMDEA pueden cumplir su misión última: hacer ciencia útil para la sociedad, que satisfaga sus necesidad y mejore su bienestar.
Las fundaciones que gestionan los institutos IMDEA vertebran un modelo de I+D+i construido sobre tres pilares básicos: los investigadores, la Administración Pública, y las empresas.
Así, según sus propios estatutos, sus patronatos están formados por representantes de las Administraciones Públicas y de universidades y otros centros de investigación; por «científicos de reconocido prestigio internacional en las materias que constituyen los fines de la fundación»; y por representantes de las «empresas que tengan relación directa o indirecta con los sectores relacionados con los fines fundacionales».