El Instituto se localizará de forma definitiva en el Parque Tecnológico de Móstoles (la segunda ciudad más grande de la Comunidad de Madrid), y muy cerca de empresas con actividades de I+D. Pero su sede temporal se localiza en las instalaciones del Campus de Móstoles de la Universidad Rey Juan Carlos. El Instituto IMDEA Energía dispondrá de medios modernos y excelentes y las infraestructuras científicas necesarias para promover el desarrollo de una investigación de alto nivel.