El Instituto, creado por decisión conjunta de la Comunidad de Madrid y el Ministerio de Educación y Ciencia, será gestionado por una Fundación creada al efecto y en cuyo Patronato participarán Instituciones académicas, empresas privadas, las administraciones mencionadas, así como científicos de reconocido prestigio internacional. El Instituto contará con un edificio propio de nueva construcción donde se ubicarán las infraestructuras comunes y se desarrollaran aquellas actividades de investigación que así lo requieran. La sede estará situada en el Campus de la UAM en Cantoblanco, donde pueda beneficiarse de la existencia de infraestructuras u otros equipamientos científicos e Institutos de Investigación.
El presupuesto operativo del Instituto contará con aportaciones comprometidas por las Instituciones participantes en su Patronato y con fondos obtenidos en régimen de concurrencia abierta a Programas Nacionales e Internacionales o mediante donaciones o convenios con empresas, siempre de acuerdo con las directrices del Comité Científico Asesor y contando con la aprobación de la Dirección y el Patronato de la Fundación. El presupuesto propio y las aportaciones del exterior serán gestionados por la Gerencia del Instituto que dará cuenta a los órganos correspondientes (Dirección y Patronato).
El Patronato delegará en el Director y Gerente aquellas atribuciones que estime convenientes para la toma ágil de decisiones. El Instituto desarrollará Programas propios y Proyectos Exploratorios de investigación que serán sometidos al juicio del Comité Asesor y aprobados por el Patronato en cuanto que requieran financiación interna total o parcial.
El Instituto podrá participar activamente en Programas de Investigación de otras Instituciones y colaborar, asimismo, con los laboratorios de los grupos asociados e investigadores seleccionados por sus proyectos científicos y trayectoria por el Comité Científico Asesor, con el fin de optimizar resultados en las líneas de investigación del Instituto aceptadas por el Patronato de la Fundación.