El Instituto propone, entre otros, los siguientes objetivos, que constituyen sus fines fundacionales:

• Facilitar la creación de equipos de alta masa crítica capaces de abordar trabajos de I+D de envergadura y competitivos, útiles desde el punto de vista económico y social.
• Realizar una política científica clara, focalizando la I+D alimentaria de la Comunidad de Madrid (CM) en unas líneas concretas que potencien la competitividad de la industria madrileña y que, a través de ésta, puedan trasladarse a la sociedad en forma de avances que mejoren la calidad de vida de la población en materia de alimentación.
• Realizar de forma eficaz la transferencia de resultados de la I+D, para su explotación, a través de licencias de patentes a empresas o cualquier otro instrumento de transferencia.
• Promover la creación de nuevas empresas de base tecnológica.
• Mejorar el nivel científico de los artículos originales de investigación publicados en la Comunidad de Madrid, manteniendo (o si es posible, incrementando) su número y su índice de impacto.
• Aumentar el número de patentes internacionales presentadas en la Comunidad de Madrid.
• Dar soporte a las administraciones públicas en materia de calidad y seguridad de alimentos.
• Constituir un referente de la formación especializada a nivel de postgrado universitario y de formación continua para el sector productivo.
• Mejorar la actividad de la industria alimentaria y de los servicios al ciudadano en la Comunidad de Madrid.
• Contribuir a mejorar la imagen de la Comunidad de Madrid como núcleo de investigación de excelencia y alta tecnología.